【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

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?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

【R語言】--- 分組柱狀圖

分組柱狀圖，又叫聚合柱狀圖。當(dāng)需要在同一個(gè)軸上顯示各個(gè)分類下不同的分組時(shí)，需要用到分組柱狀圖，是學(xué)術(shù)論文中常用的圖。每個(gè)分組中的柱子使用不同的顏色或者相同顏色不同透明的方式區(qū)別各個(gè)分類，各個(gè)分組之間需要保持間隔。

利用ggplot2包進(jìn)行繪制，這里不贅述。

[1]

[2]

R語言繪圖（ggplot2、ggpubr）從入門到精通04--柱狀圖美化之調(diào)色

本系列課程要求大家有一定的R語言基礎(chǔ)，對(duì)于完全零基礎(chǔ)的同學(xué)，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎(chǔ)教程》。本課程將從最基本的繪圖開始講解，深入淺出的帶大家理解和運(yùn)用強(qiáng)大而靈活的ggplot2包。內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點(diǎn)圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標(biāo)軸和圖例等。

本次課程所用的配套書籍是： 《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本圖形外，師兄還會(huì)給大家講解箱線圖、提琴圖、熱圖、火山圖、氣泡圖、?；鶊D、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學(xué)起來吧！

柱狀圖可能是最常用的一種數(shù)據(jù)可視化。它們通常用于顯示數(shù)值(在y軸上)，用于顯示不同類別的數(shù)值(在x軸上)。例如，柱狀圖可以用來顯示四種不同商品的價(jià)格。柱狀圖通常不適合顯示一段時(shí)間內(nèi)的價(jià)格，因?yàn)闀r(shí)間是一個(gè)連續(xù)的變量。

在制作柱狀圖時(shí)，您應(yīng)該注意一個(gè)重要的區(qū)別:柱狀圖的高度有時(shí)表示數(shù)據(jù)集中的案例數(shù)，有時(shí)表示數(shù)據(jù)集中的值。記住這一區(qū)別——這可能會(huì)引起混淆，因?yàn)樗鼈兣c數(shù)據(jù)的關(guān)系非常不同，但兩者使用相同的術(shù)語。

拓展： position參數(shù)： 此處的position主要是指對(duì)圖像的微調(diào)，最常見的應(yīng)用是在分組的柱形圖（bar）中，因?yàn)榉纸M的柱形圖會(huì)產(chǎn)生組內(nèi)堆積和不堆積兩種主要效果。

名稱欄目：R語言GO柱狀圖改色 用R軟件做Go分析柱狀圖
路徑分享：http://m.rwnh.cn/article4/hpjeie.html

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